Los templos de Mitra eran subterráneos naturales o artificiales, diseñados como cuevas especiales dedicadas al dios; algunos fueron construidos en plantas bajas de edificios públicos o casas romanas. Los techos eran abovedados, a veces pintados de azul con estrellas o perforados con óculos o lucernarios claramente colocados para dejar entrar la luz solar. La oscuridad del recinto permitía juegos de antorchas que iluminaban el altar o los relieves en momentos claves del culto. Lo que importaba era reforzar la noción del dios como señor del tiempo y los destinos. Habitualmente se hacían cerca de un manantial o pileta que proveía agua purificadora para los ritos.

Cada mitreo tenía una antecámara y un spelaeum. Esa es la palabra que aparece escrita en las paredes de algunos de estos templos; nunca los llamaban simplemente cueva (spelunca, en latín). Parece que querían referirse con nobleza al antro cósmico que evocaba el universo y servía de refugio a Mitra.

El núcleo era un pasillo rectangular alargado, flanqueado por bancos laterales de piedra o ladrillo (en latín los pódia) donde los hombres se reclinaban de lado para comer, imitando las cenas de la élite romana, aunque allí dentro se seguían otras distinciones jerárquicas, muy diferentes a las de afuera. Al fondo del espacio, opuesto a la entrada, estaban el ábside y el altar con la tauroctonía: Mitra clavándole la daga al toro. Se han encontrado mitreos con altares adelantados, que dejaban espacio ante la imagen sagrada.

En esa atmósfera se celebraban banquetes festivos al finalizar los ritos. Se ha supuesto que sacrificaban toros para consumirlos en comunión, pero las dimensiones de los recintos no parecen las adecuadas para víctimas tan grandes. Los huesos hallados han sido de aves o animales pequeños.

Plutarco relata que el culto llegó a Roma tras la campaña de Pompeyo en el 67 a. C. contra piratas en el Egeo, pero no se han encontrado vestigios de mitreos de la época republicana. Los más antiguos que se conocen aparecieron con los Flavios, que gobernaron desde 69 d.C.

El misterio más persistente no parece ser el contenido de los ritos celebrados en esas cuevas; las pinturas y los relieves encontrados y las descripciones cristianas posteriores pueden iluminar algo de esas costumbres. Hoy lo que parece preocupar a la cultura moderna es la historia misma de cómo el culto llegó a Roma: ¿se mantuvo escondido durante décadas para florecer un siglo después, siguiendo lo aludido por el sabio Plutarco, o fue traído por las tropas romanas al volver de las expediciones flavias a Oriente, durante el siglo I d. C.?

Muchos mitreos convertidos en criptas, yacen ahora bajo las catedrales cristianas como testigos de un culto secreto que burla la idea de que la historia lo conoce todo.